嗜热真菌木聚糖酶1YNA的表达和定点突变

2022-03-04 08:30:39 | 浏览次数:

摘要:为了进一步提高嗜热真菌(Thermomyces lanuginosus DSM10635)本已较耐热的木聚糖酶1YNA的热稳定性。利用重叠延伸PCR技术从嗜热真菌基因组DNA中扩增获得了木聚糖酶1YNA的基因xyl,将其插入到大肠杆菌表达载体pET-22b(+)中,构建了重组表达质粒pET-22b(+)-xyl。该质粒转化到表达宿主大肠杆菌BL21(DE3)后获得了能成功表达的工程菌。工程菌表达木聚糖酶1YNA的最适温度为65℃,最适pH值为6.0。其在75℃,pH值为6.5的条件下失活处理30 min后还残存有30%的酶活,与嗜热真菌生产的木聚糖酶特性相近。在对该木聚糖酶的N端氨基酸序列进行定点突变后发现,T4A、T4G、T4R均对该木聚糖酶的热稳定性无显著影响,其中T4G突变体的耐热性有变弱的趋势。

关键词:嗜热真菌;重叠延伸PCR;定点突变;木聚糖酶

中图分类号:Q939.5;Q78文献标识码:A文章编号:0439-8114(2011)07-1488-06

Characterization and Site-directed Mutagenesis of Xylanase 1YNA from

Thermomyces lanuginosus DSM10635

FU Zheng1,ZHANG Hua-shan2,ZENG Xiao-ying1,XIONG Hai-rong1

(1. College of Life Science,South-central University for Nationalities,Wuhan 430073,China;

2. Key Laboratory of Fermentation Engineering,Ministry of Education,Hubei University of Technology,Wuhan 430068,China)

Abstract: Overlap extension PCR technology was used to amplify xylanase 1YNA gene xyl from Thermomyces lanuginosus DSM10635. The PCR products were connected with expression vector pET-22b(+) to construct recombinational vector

pET-22b(+)-xyl; and then transformed into expression host BL21(DE3). The optimal expression condition of xylanase 1YNA was 65℃, pH 6.0. The xylanase remained 30% of activity after 30min inactivation at the condition of pH 6.5, 75℃. A few N-terminus amino acids of xylanase 1YNA were changed by site-directed mutagenesis. The thermostability of xylanase mutants T4A and T4R was similar to their parent, while T4G showed weaker thermostability.

Key words:Thermomyces lanuginosus; overlap extension PCR; site-directed mutagenesis; xylanase

木聚糖酶(Xylanase,EC 3.2.1.8)是可将木聚糖降解成低聚木糖和少量木糖的一类酶的总称。狭义上的木聚糖酶限指内切β-1,4-木聚糖酶,是木聚糖降解过程中最关键的一个酶[1-3]。木聚糖酶在现代工业中的重要性越来越明显。目前该酶主要应用于制浆造纸、饲料和食品等行业。木聚糖酶用于制浆造纸行业的预处理可提高纸浆的白度和减少化学漂白剂的使用;用于饲料行业能增加饲料的利用率和减少动物胃肠道疾病的发生;用于食品行业主要是对小麦面粉的改良和在酿酒方面的应用等。木聚糖酶是利用非淀粉质原料生产酒精过程中的一个关键酶。随着生物质能源事业发展,木聚糖酶必将得到更广泛的应用。

自1983年Bernier等首次从Bacillus subtilis中分离得到木聚糖酶基因以来,许多来自细菌、放线菌、霉菌、酵母菌和藻类等不同生物的木聚糖酶基因被克隆表达和分析。嗜热真菌Thermomyces lanuginosus产生的木聚糖酶由于其高耐热性越来越受到关注[4]。嗜热真菌T. lanuginosus DSM10635是从捷克的土壤中分离得到的一株耐热型菌株,它产生的木聚糖酶是一种耐高温酶,在较高温度(50~80℃)条件下稳定。Xiong等[5]对该嗜热真菌DSM10635所分泌的木聚糖酶进行了详细的研究。该木聚糖酶属于糖基水解酶第11家族,其最适pH值为6.0,最适温度为70℃,并且在pH值为5.5~9.0下都具有很高的酶活性。质谱结果还表明嗜热真菌DSM10635产生的木聚糖酶的分子量为21 295.17 Da,与DSM5826产生的木聚糖酶(1yna)的分子量极为相近。

耐高温酶的应用前景广阔。在使用酶制剂的工业大生产中,高温过程常常不可避免或对工艺有帮助,例如高温能加快生化反应速度,提高液体物料的流动性能,防止有害微生物在过程中的生长繁殖等,目前大规模使用的酶制剂主要是通过工程菌发酵获得的。基于PCR技术的不断发展和完善,运用基因工程和蛋白质工程的方法对木聚糖酶基因进行操作已经非常普遍[6-12]。定点突变改变木聚糖酶分子的氨基酸残基能导致酶特性的改变[13-17]。目前的研究多聚焦于第11家族的中温木聚糖酶,并且通过定点突变等方法获得了许多较耐热的突变体[18-20]。总体来说,这些中温木聚糖酶的突变体热稳定性并未达到满意的程度,大多数突变体的热稳定性仅仅与未修改的耐热木聚糖酶的热稳定性接近。直接利用本身已较耐热的木聚糖酶为模板进行基因修改将极有可能获得更耐热的突变体。

本研究对嗜热真菌T. lanuginosus DSM10635的木聚糖酶1YNA进行了原核表达。由于此木聚糖酶基因中只含有一个内含子,实验中没有采用获得木聚糖酶基因的RNA后逆转录得到cDNA的方法来获得木聚糖酶的编码基因,而是利用特异性引物进行重叠延伸PCR获得的木聚糖酶1YNA编码基因,然后将其与原核表达载体连接后转入宿主菌能诱导表达木聚糖酶。文献查询没有关于木聚糖酶1YNA的基因表达的报道,本文是首次对该耐热木聚糖酶进行表达和基因定点修改,为今后实验工作的进一步开展打下了基础和指明了方向。

材料与方法

1.1实验材料

嗜热真菌Thermomyces lanuginosus DSM10635购自德国微生物菌种保藏中心(DSMZ)。克隆载体pGEMT-easy购自Invitrogen公司。表达载体

pET-22b(+)购自Novagen公司。大肠杆菌BL21(DE3)、DH5α来自中国农业科学院饲料研究所实验室。实验所用的限制性内切酶NcoⅠ、XhoⅠ,T4 DNA连接酶,Pyrobest DNA聚合酶,Taq DNA聚合酶,DNA回收试剂盒,质粒提取试剂盒均购自TaKaRa公司。木聚糖购自Sigma公司,其他化学试剂均为国产分析纯。

1.2实验方法

1.2.1木聚糖酶基因xyl的克隆参考GenBank中嗜热真菌T. lanuginosus DSM5826(登录号U35436)的木聚糖酶基因序列及相关的G11家族的木聚糖酶基因序列来进行序列比对分析,从而设计特异性的简并引物f1,f2和r(表1)对总DNA进行PCR扩增,这些引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。引物f1是根据木聚糖酶基因的起始位点前面一段序列设计的,而引物f2是根据木聚糖酶基因中间一段相对保守序列设计的。将纯化后的PCR产物与pGEMT-easy连接后转化DH5α感受态细胞,挑选阳性克隆子送去北京擎科生物技术有限公司测序。

1.2.2木聚糖酶1YNA的原核表达对f1-r,f2-r两种引物对的PCR产物的测序结果进行序列比对。结果表明,此木聚糖酶基因只含有一个约100bp的内含子。设计含有酶切位点的特异性引物对f1-r引物对的PCR产物进行重叠延伸PCR,PCR扩增条件为:94℃、5 min;94℃、30 s,67℃、30s,72℃、40 s,循环30次;72℃、10 min;4℃保存。经过两轮PCR后得到含有酶切位点NcoⅠ和XhoⅠ的PCR产物xyl片段,此片段和经两种内切酶切割后的pET-22b(+)空质粒载体在T4 DNA连接酶的作用下连接为重组质粒pET-22b(+)-xyl,电击转化感受态细胞BL21(DE3),涂布于含100 μg/mL氨苄青霉素(简称Amp)的LB固体平板后,挑选阳性克隆子培养,以进行木聚糖酶酶活的初步测定,显示有酶活的克隆子送去南京金斯瑞生物科技有限公司测序。

1.2.3木聚糖酶突变体T4A、T4G、T4R的原核表达通过对原核表达的木聚糖酶的氨基酸序列进行分析,可以对其N端的某个氨基酸进行定点突变获得高稳定性的木聚糖酶突变体,设计引物将其第4位的苏氨酸突变为丙氨酸(引物dF1)、甘氨酸(引物dF2)或精氨酸(引物dF3),改变其N-端的疏水性来提高其热稳定性,利用定点突变引物和反向引物对提取的质粒pET-22b(+)-xyl进行扩增。PCR的条件是:94℃、5 min;94℃、30 s,67℃、30 s,72℃、1 min,循环30次;72℃、10 min;4℃保存。将纯化后的PCR定点突变产物和经限制性内切酶NcoⅠ和XhoⅠ消化后的pET-22b(+)空质粒载体在T4 DNA连接酶的作用下构建pET-22b(+)-xyl突变重组质粒。42℃热激转化感受态细胞BL21(DE3),涂布于含100 μg/mL Amp的固体平板后过夜培养,挑选阳性克隆子进行50 mL摇瓶培养并进行诱导,用3,5-二硝基水杨酸(DNS)法初步测定其是否具有酶活,有木聚糖酶表达的克隆子送去南京金斯瑞生物科技有限公司测序。

1.2.4木聚糖酶1YNA及其突变体T4A、T4G、T4R的酶液制备将在LB(含100 μg/mL的Amp)固体平板上活化生长的单克隆子接入含有LB培养基(Amp的浓度为100 μg/mL)的1.5 mL离心管,摇床培养4 h后按1%(m/m)的比例接入到100 mL LB培养基中,37℃,200 r/min摇床过夜,加入终浓度为0.1 mmol/L的IPTG溶液诱导培养48 h。培养液4℃,8 000 r/min离心10 min后取上清加入硫酸铵至其达到80%的饱和度,5 000 r/min离心0.5 h后沉淀用50 mmol/L的柠檬酸-磷酸缓冲液(pH值为6.5)溶解,8 000 r/min离心10 min后取上清4℃保存备用。

1.2.5木聚糖酶酶特性的鉴定实验采用DNS法测定木聚糖酶的酶活。一个酶活力单位的定义为:在60℃和pH值为6.5的条件下,每分钟水解木聚糖底物产生1 μmol木糖所需酶量为1个国际酶活力单位。酶活的测定以D-木糖作为标准。在木聚糖酶酶活测定的实验中,pH值为4~7用的是柠檬酸-磷酸缓冲液(50 mmol/L);pH值为7~9用的是Tris-HCl缓冲液(50 mmol/L)。木聚糖酶特性的鉴定主要包括最适温度、最适pH值和热稳定性的测定。每个结果均为3个平行样的平均值。①最适反应温度的测定。0.2 mL稀释好的酶液与1.8 mL 0.5%

(m/V,g/mL,下同)木聚糖底物在不同的温度下反应10 min,然后加入3 mL DNS煮沸5 min。最适温度的测定分别在两个pH值下进行。②最适反应pH值的测定。在相同的温度下,0.2 mL稀释好的酶液与不同pH值的1.8 mL的木聚糖底物缓冲液反应10 min,然后加入3 mL DNS溶液煮沸5 min。③热稳定性的测定。用同一pH值的缓冲液稀释好的酶液在不同的温度(50~100℃)下失活处理30 min,然后取失活后的0.2 mL酶液与1.8 mL的0.5%木聚糖底物(pH值为6.5)在60℃下反应10 min,再加入3 mL DNS混匀后煮沸5 min。热稳定性的测定在3个pH值下进行。所有样品在540 nm下测定其吸光度值。

2实验结果

2.1重叠延伸PCR的结果

选择合适的PCR体系对提取的总DNA进行扩增,f1-r和f2-r两种引物对进行PCR后获得比较好的结果,分析两个产物的测序结果发现f1-r这对引物PCR扩增后的产物长度比f2-r的产物长,即f2-r的DNA序列包含在f1-r的DNA序列中,与实验预期的结果基本符合。在Pyrobest DNA聚合酶作用下,采用不同特异性引物组合(mF,mR,zF,zR)对f1-r引物PCR的产物进行重叠延伸PCR(图1),结果显示PCR产物的DNA长度分别约为200 bp和400 bp(图2泳道2、3)。将两种纯化后的PCR产物加入到含有Pyrobest DNA聚合酶和引物(mF,mR)的体系中进行PCR扩增。获得600 bp左右的DNA片段,这就是目的片段xyl(图2泳道4)。

2.2重组表达质粒的构建及验证

将经过测序验证的木聚糖酶基因xyl以正确的开放阅读框连接到原核表达载体pET-22b(+)上,获得重组表达质粒pET-22b(+)-xyl(图3),转化大肠杆菌感受态细胞BL21(DE3),挑选阳性克隆子培养,用试剂盒提取其质粒DNA,经限制性内切酶NcoⅠ和XhoⅠ双酶切后得到与pET-22b(+)(空质粒双酶切后的片段)以及目的基因xyl大小相符的DNA片段(图4),说明木聚糖酶基因xyl已正确插入到原核表达载体pET-22b(+)上。

2.3木聚糖酶1YNA及其酶突变体T4A、T4G、T4R的酶特异性鉴定

2.3.1木聚糖酶1YNA的酶特异性鉴定木聚糖酶1YNA最适温度的测定在pH值为5.0和6.5下进行,两个pH值条件下都是在65℃反应10 min时相对酶活达到最大值,因此确定原核表达木聚糖酶1YNA的最适温度为65℃(图5)。木聚糖酶1YNA的最适pH值为6.0。在50、70℃的反应条件下,木聚糖酶在pH值为6.0时都具有相对比较大的酶活(图6)。木聚糖酶1YNA的失活曲线显示其在pH值为6.5和8.0下稳定性比pH值为5.0要高些(图7),在pH值为5.0的环境下,木聚糖酶60℃处理30 min后只残留约70%的相对酶活,而经过相同的失活处理后,pH值为6.5和8.0条件下的相对残留酶活基本没有下降;在65℃处理30 min后,不同pH值下的差别更明显,在pH值为6.5和8.0条件下的相对残留酶活还有80%以上,而在pH值为5.0的环境下1YNA只剩下约40%的相对残留酶活;木聚糖酶1YNA在pH值为5.0,100℃下处理30 min后基本丧失所有酶活,而相同条件处理后在pH值为6.5和8.0环境下还残留有少部分酶活。

2.3.2木聚糖酶突变体T4A,T4G,T4R的热稳定性鉴定实验成功完成了将木聚糖酶1YNA的第4位苏氨酸基因定点突变为丙氨酸(T4A)、甘氨酸(T4G)或精氨酸(T4R),并对突变结果进行了表达。表达产物均有木聚糖酶活力。对木聚糖酶突变体T4A,T4G,T4R进行了热稳定性的测定(图8~10)。在pH值为5.0的环境下,60℃热处理30 min后,木聚糖酶突变体T4A、T4G、T4R的相对残留酶活分别为76.61%,51.94%和62.48%。而在pH值为6.5和8.0环境下3种突变酶的相对残留酶活基本没有变化;3种突变酶在pH值为5.0的环境下,65℃热处理30 min后就基本丧失所有酶活,但在pH值为6.5和8.0环境下3种酶表现出不一样的热稳定性,T4A的相对残留酶活分别是72.21%和66.29%,T4G的相对残留酶活最低,分别是60.28%和55.74%,T4R的相对残留酶活分别是65.27%和60.61%。总的来说,3种突变酶在pH值为6.5和8.0下的热稳定性都高于pH值为5.0下的热稳定性。

3讨论

本研究以产耐热木聚糖酶的嗜热真菌T. lanuginosus DSM10635为实验材料,克隆了其木聚糖酶基因xyl并进行了原核表达。该木聚糖酶基因的编码序列含有588个碱基,共编码196个氨基酸。从实验所得的结果我们可以看出,利用重叠延伸PCR的方法获得木聚糖酶1YNA的蛋白质编码序列是完全可行的,并且取得比较好的效果,这样做比用传统方法更容易获得编码序列。传统方法获得具有内含子的基因编码区主要是通过提取mRNA再经过逆转录酶反应得到cDNA,这种方法有一定的弊端,首先提取mRNA的提取过程比较繁琐,最主要原因是提取液中目的mRNA的含量较少而且容易被广泛存在的RNA酶降解。重叠延伸PCR以前多用于两个基因的连接(如融合蛋白)和蛋白质中间区域某个氨基酸的突变,此外还可以用于多个外显子的拼接。陆长梅等[13]设计重叠延伸引物,从T. reesei QM9414基因组DNA中通过PCR方法获得4个外显子,然后再通过重叠延伸PCR方法将4个外显子按顺序一个个拼接,通过8次PCR反应就成功获得了与GenBank上外显子序列完全一样的成熟xynⅢ的cDNA序列。对于只含有少数内含子的基因,使用重叠延伸PCR的方法获得其蛋白质编码序列更具有优越性。

由于缺少蛋白质糖基化修饰过程,原核表达的木聚糖酶在氨基酸序列没有变化的情况下其热稳定性一般要比嗜热真菌产生的木聚糖酶热稳定性低。本文的实验结果也证实了这个现象。通过比较大肠杆菌重组表达的木聚糖酶1YNA与嗜热真菌DSM10635所分泌的原酶[3]发现,木聚糖酶1YNA的最适温度比原酶约低5℃,最适pH值差别不大,其他酶特性比较相似。

通过定点突变技术,本文对原核表达的木聚糖酶1YNA进行了单个氨基酸修改。第11家族木聚糖酶的N端是基因突变位点较为集中的区域。由于该区域结构较为松散,从蛋白质数据库文件PDB立体结构分析图能够观察到第4位的苏氨酸的羟基扰乱了N端肽链结构的完整性。我们尝试改变第4位的苏氨酸为其他不同氨基酸,探讨木聚糖酶1YNA的热稳定性和N端结构的关联性。木聚糖酶突变体(T4A,T4G,T4R)与1YNA比较,热稳定性已经发生了变化但相对变化不大,其中T4G导致酶的耐热性有变弱的趋势。1YNA在pH值为5.0下60℃处理30 min后还剩余约70%的相对残留酶活,而T4A在相同条件下处理后相对残留酶活剩余约80%,T4R的相对残留酶活次之,为60%左右,T4G的相对残留酶活最低,只达到50%。3种木聚糖酶突变体在pH值为6.5和8.0下的热稳定性也低于1YNA在pH值为6.5和8.0下的热稳定性。

对本身已较耐热酶蛋白质的结构进行修改以期进一步提高其热稳定性是一个挑战。本研究首次对耐热木聚糖酶1YNA进行了表达和基因修改,为今后进一步研究该耐热木聚糖酶打下了基础和指明了方向。

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